Στο Τμήμα Ένταξης φοιτούν μαθητές με αναπηρία ή με ειδικές εκπαιδευτικές ανάγκες (ε.ε.α.), για ορισμένες μόνο ώρες την εβδομάδα. Πρόκειται στην πλειοψηφία τους για μαθητές με μαθησιακές δυσκολίες, προβλήματα συμπεριφοράς και χαμηλή σχολική επίδοση. Στα Τμήματα Ένταξης μπορούν να φοιτούν και μαθητές χωρίς γνωμάτευση από διαγνωσιτκό φορέα (ΙΠΔ, ΚΕΔΔΥ), μετά από τη σύμφωνη γνώμη του σχολικού συμβούλου Ειδικής Αγωγής. Από τους μαθητές με αναπηρία ή ε.ε.α που φοιτούν στις κανονικές τάξεις, ο εκπαιδευτικός του Τ.Ε. προτείνει ορισμένους (ο μέγιστος αριθμός -σύμφωνα με το Ν.3699/2008- είναι 12 μαθητές) για υποστήριξη στο Τ.Ε., ανάλογα με τη σοβαρότητα των ε.ε.α τους, την ανάγκη για εξειδικευμένο εκπαιδευτικό πρόγραμμα, την ηλικία και την τάξη στην οποία φοιτούν και ανάλογα με τον αριθμό των μαθητών που έχει τη δυνατότητα να υποστηρίξει αποτελεσματικά (ΦΕΚ Β 449/2007, σ. 9390).
Η εκπαίδευση στο Τμήμα Ένταξης διαφοροποιείται ανάλογα με την αναπηρία ή την ε.ε.α. των μαθητών που φοιτούν σ’ αυτό. Βασίζεται στην άτυπη εκπαιδευτική αξιολόγηση που κάνει ο δάσκαλος της ειδικής αγωγής, λαμβάνοντας υπόψη και τις προτάσεις των εκπαιδευτικών της γενικής τάξης, αλλά και τη διάγνωση που προέρχεται από ιατροπαιδαγωγική υπηρεσία (ΙΠΔ) ή από το ΚΕΔΔΥ (ΚΔΑΥ) κι η οποία μεταξύ άλλων βασίζεται και σε ψυχο-διαγνωστικά τεστ. Η άτυπη εκπαιδευτική αξιολόγηση περιλαμβάνει τη διδακτική αξιολόγηση που αφορά όχι μόνο στην αξιολόγηση του μαθητή, αλλά και στην αξιολόγηση του διδακτικού περιβάλλοντος που διαμορφώνεται από παράγοντες της τάξης, της διδασκαλίας και των διδακτικών υλικών και μέσων. Με βάση την εκπαιδευτική αξιολόγηση, τις εισηγήσεις και προτάσεις του ΚΕΔΔΥ καθορίζονται οι εκπαιδευτικοί στόχοι και σχεδιάζεται το εξειδικευμένο πρόγραμμα του μαθητή από τον εκπαιδευτικό του Τμήματος Ένταξης. Παρόλο που με σχετική απόφαση (ΦΕΚ Β 449/2007, σ. 9390) ο/η εκπαιδευτικός του Τ.Ε. πρέπει να συνεργάζεται με τον/την εκπαιδευτικό της τάξης, ώστε να υπάρχει σύνδεση μεταξύ του κοινού και του εξειδικευμένου προγράμματος ως προς το περιεχόμενο και τον τρόπο υλοποίησής του (π.χ. συνδιδασκαλία), το εξειδικευμένο πρόγραμμα εφαρμόζεται στο Τ.Ε. τις περισσότερες φορές, ανεξάρτητα από τα τεκταινόμενα στη Γενική τάξη και χωρίς να υπάρχει συνεργασία, αλληλοενημέρωση ή κοινή διδακτική αντιμετώπιση απ΄ όλους τους εκπαιδευτικούς (γενικής αγωγής, ειδικής αγωγής και ειδικοτήτων) που διδάσκουν στο μαθητή.
